Sous l’œil de l’académie française

Article XXIV:

La principale fonction de l’Académie sera de travailler avec tout le soin et toute la diligence possibles à donner des règles certaines à notre langue et à la rendre pure, éloquente et capable de traiter les arts et les sciences.

Lettres patentes pour l’établissement de l’Académie française, signées du roi Louis XIII en janvier 1635, enregistrées au Parlement le 10 juillet 1637.

Dire, ne pas dire

Ne pas dire :

“Je viens de te forwarder le lien zoom par mail.”

France Terme:

www.culture.fr/franceterme

Dire, ne pas dire

Ne pas dire :

“Je viens de te forwarder le lien zoom par mail.”

Dire :

“Je viens de te transférer le lien visio par courriel.”

France Terme:

www.academie-francaise.fr/dire-ne-pas-dire

Dire, ne pas dire

Ne pas dire :

“Je viens de te forwarder le lien zoom par mail.”

Dire :

“Je viens de te transférer le lien visio par courriel.”

Ne pas dire :

“Le confinement a permis de lutter contre le covid 19.”

Dire :

“Le confinement a permis de lutter contre la covid 19.”

Recherche en français

• Loi Toubon (ou loi “Allgood”, 1994).
  • Thèses : résumé substantiel en français.
  • La recherche doit être accessible au plus grand nombre.
• Recherche au quotidien en français.
  • Doctorant·e·s, post-doctorant·e·s doivent apprendre.
• Publications en anglais.
  • le “Journal de la Société française de statistique” (1860 - 2021) devient “Computo” (2021 - )

Exemple : zéro

Le nombre 0 est-il :

• positif ?
• négatif ?
• les deux ?
• ni l’un ni l’autre ?

Exemple : zéro

Le nombre 0 est-il :

• positif ?
• négatif ?
• les deux ?
• ni l’un ni l’autre ?

Français: positif et négatif.

Anglais: ni positif, ni négatif.

Exemple : zéro

Français:

• Soit x un nombre positif
  • positif ou nul par défaut.

Anglais

• Let x be a positive number
  • strictement positif (différent de zéro) par défaut.

Exemple : zéro

Français:

• Soit f une fonction décroissante
  • décroissante ou constante par défaut.

Anglais

• Let f be a decreasing function
  • strictement décroissante (non constante) par défaut.
• Let f be non-increasing function
  • décroissante ou constante.

Structures de la recherche

Universités :

• Université de Montpellier, Paris-Saclay, Aix-Marseille…

Grandes écoles :

• École polytechnique (X, 1794)
• École Normale Supérieure (ENS, 9 brumaire an III)

EPST :

• Établissement public à caractère scientifique et technologique
• CNRS, INRAE, Inria, INSERM, IRD, INED

Unité Mixte de Recherche (UMR)

• IMAG : UMR 5149
  • Chargé·e·s ou Direc·teur·trice·s de recherche
  • Maître·sse·s de conférence, Professeur·e·s
• IMAG, Université de Montpellier, CNRS

Biologie computationelle

Virus du Nil Occidental (WNV)

• Première apparition à New York en 1999
• Propagation dans tous les États-Unis
• Environ 1200 morts entre 2000 et 2010

Questions

• Origine de l’épidémie ?
• Routes de transmissions ?
• Oiseaux migrateurs ? Mouvements de population ?

Phylogéographie du WNV

Dogme central de la biologie moléculaire

Source : National Human Genome Research Institute

Virus à ARN : des êtres vivants ?

Source : Wikipedia

Bouche à oreille

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Evolution des virus

1. Erreur de réplication.
2. Création d’un variant.
3. Variant peut être neutre, plus virulent, moins virulent.
4. Le variant se propage.

• Virus à ARN : beaucoup de variants, la plupart neutres.
• Deux patients différents ~ deux variants différents.
• Permet de suivre la propagation de l’épidémie.

Arbre de transmission

Echantillonage

Echantillonage

Mutations

Mutations

Observations

Arbre phylogénétique

Phylogéographie du WNV

Déplacements “au hasard” ?

• Le virus est au point (0,0) au temps t=0.
• Il se déplace “au hasard” pendant un temps T=1.
• Où est-il arrivé au temps T ?

Marche Aléatoire

1. Choisir une direction au hasard.
2. Faire un pas dans cette direction.

Marche Aléatoire

3. Raffiner la grille.
4. Accélérer le temps.

Vers le mouvement brownien…

3. Raffiner la grille.
4. Accélérer le temps.

Le mouvement brownien

Le mouvement brownien

Un objet aléatoire.

Le mouvement brownien

Distribution des points d’arrivée.

Le mouvement brownien

Distribution des points d’arrivée.

Le mouvement brownien

Région de confiance à 95%.

Phylogéographie du WNV

La phylogéographie

La phylogéographie

La phylogéographie

Phylogéographie du WNV

Ressources

• Page Wikipédia Viral phylodynamics (en).

• Lecture on viral phylodynamics by Trevor Bedford (en).

• Nextstrain.

• EvoLaps.

• Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, éditeurs Gilles Didier et Stéphane Guindon, ISTE éditions (2022).

• Seeing Theory (Daniel Kunin, Brown University).

Résumé

• Structure de la recherche française
  • Universités, Instituts

Merci pour votre attention

Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck